本发明公开了一种WDR63基因在间充质干细胞骨向和牙向分化过程中的调控方法，通过细胞培养、染色质免疫沉淀反应及数据分析、质粒构建与病毒转染、蛋白质印迹分析、细胞增殖能力测定、碱性磷酸酶和茜素红染色、裸鼠皮下进行细胞回植；发现WDR63基因在间充质干细胞骨向/牙向分化过程中的调控作用，以及在促进牙组织再生中的作用。本发明采用涉及组蛋白3第4位赖氨酸的三甲基化对间充质干细胞的基因活化和功能的调节作用、WDR63基因在间充质干细胞骨向/牙向分化过程中的调控作用、涉及WDR63基因在促进牙组织再生中的作用，得到WDR63可能在根尖牙乳头干细胞成骨分化中起促进作用。