本发明提供一种抑制胶质瘤生长的过表达BDNF的间充质干细胞的制备方法，其中，所述方法包括通过获取BDNF基因片段，构建到病毒载体上，转染人间充质干细胞制备成过表达BDNF的间充质干细胞；体外实验中与胶质瘤干细胞共培养，启动了胶质瘤干细胞中microRNA-124表达，抑制了其靶基因STAT3、Akt和RelA的表达，从而抑制了胶质瘤干细胞增殖和成球生长能力，体内实验中抑制胶质瘤的生长和转移复发；本发明还提供了过表达BDNF的间充质干细胞及其治疗胶质瘤的临床应用，该间充质干细胞将能抑制胶质瘤生长，诱导胶质瘤干细胞分化治疗，从而达到靶向清除胶质瘤干细胞的目的。