本发明涉及孤雄单倍体干细胞系及其制法和应用。具体地，本发明人提供了一种孤雄单倍体细胞和孤雄囊胚，所述细胞或囊胚的细胞核仅包含单倍的常染色体和性染色体，所述的性染色体为X染色体，不含Y染色体。本发明的孤雄单倍体细胞可以取代精子细胞作为配体来产生可育的动物个体；本发明的孤雄单倍体细胞有利于基因操作，并且能将遗传信息传递给后代。本发明还提供了建立孤雄单倍体细胞的制备方法及其应用。