本发明提供了一种干细胞快速冷冻方法及其使用的冷冻液，所述干细胞快速冷冻方法包括以下步骤：将干细胞在冷冻基础液中平衡；将干细胞转至1号冷冻液中平衡；将干细胞转至2号冷冻液中平衡后，将干细胞转移到载体管中；将载体管保持水平状态靠近液氮蒸汽层，并以载体管任一端为圆心向液氮液面进行旋转至竖直于液氮液面，使载体管中装载了细胞的部分浸入到液氮中。本发明的技术方案能够在进行快速玻璃化冷冻时更好地保护干细胞，有效地提高干细胞经过玻璃化冷冻后的复苏存活率，并且保持冷冻复苏后干细胞的生长分化和表达能力等全能性不受影响；特别是对于一些很敏感的干细胞，复苏存活率可以提高到95%以上。