本发明公开了一种微型扑翼飞行器飞控导航系统，传感器单元输出信号通过AD转换后由数据通讯接口送入飞控导航计算机；GPS接收机将信号通过数据通讯接口送入飞控导航计算机进行配置；飞控导航计算机的所有程序和数据都在SRAM存储器中运行；飞控导航计算机通过数据通讯接口向舵机和电子调速器输出控制指令，通过数据通讯接口与数据链路相连，进行遥测数据和遥控命令通讯。本发明实现了微型扑翼飞行器的自主飞行，满足微型扑翼飞行器对于空间、重量、电磁兼容性等方面的严格要求。