本发明公开了一种检测GAPDH蛋白在骨髓间充质干细胞中表达分布水平的方法及其在鉴定骨髓间充质干细胞活性中的应用，本发明还公开了一种鉴定骨髓间充质干细胞活性的方法，该方法包括以下步骤：1)采用细胞免疫荧光染色方法检测GAPDH蛋白在骨髓间充质干细胞中的表达分布水平；2)若60％以上的GAPDH蛋白分步于细胞核，即为高表达型，为高活性骨髓间充质干细胞；若40％以下的GAPDH蛋白分步于细胞核，即为低表达型，为低活性骨髓间充质干细胞。本发明首次发现了GAPDH蛋白在骨髓间充质干细胞中的表达分布水平与骨髓间充质干细胞活性的关系，所提供的方法可以快速地鉴定出对疾病治疗效果好、增殖能力强的骨髓间充质干细胞，从而可用于骨髓间充质干细胞的高通量筛选。