本发明公开了一种碳纳米管载抗病毒药物复合物、制备方法及其在水产养殖无病毒携带苗生产中的应用，以单壁碳纳米管载吗啉胍的杀病毒制剂为制备实例，并以草鱼呼肠孤病毒为测试模型，在草鱼水花鱼苗进行无病毒携带杀灭试验，能彻底杀灭所感染的病毒，使用该方法在水产种苗生产中，可阻断父母通过垂直传播给子代的病毒。生产成本低，使用方法简单，能在鱼、虾、蟹、贝类等水产动物无特定病原病毒携带苗种生产进行推广应用。