本发明公开了一种用于畜禽养殖污水处理的阻泥式生物厌氧反应器，包括厌氧反应器、好氧池和沉淀池，所述的厌氧反应器和好氧池在顶部连通，好氧池和沉淀池在顶部连通；所述的厌氧反应器底部为进水口，厌氧反应器的底部设置有搅拌器，厌氧反应器的顶部设置有三相分离器；厌氧反应器内搅拌器上方设置有多层折流式阻泥板，所述的好氧池中，进水管管口设置于好氧池底部；好氧池内部设置有多层曝气装置，曝气装置的气孔出口向下或向下倾斜；所述的沉淀池底部为漏斗状，其顶部设置有出水口将上清液输出。本发明是改进缺氧和好氧内部结构，提高系统污泥浓度和活性，旨在更好地利用污水处理系统内的碳源，具有可维持高浓度微生物、处理稳定的特点。