本发明公开一种大豆异黄酮苷元的制备方法及其在畜禽养殖上的应用。制备方法包括下述步骤：将脱脂大豆原料用乙醇水溶液和水在超声辅助下分次提取，提取液合并后离心；离心液经大孔树脂吸附，离心沉淀用溶剂萃取，以萃取液洗脱大孔树脂，收集洗脱液；向洗脱液中加入酸，回流提取；洗脱液浓缩，加水，静置，离心收集沉淀；将离心收集的沉淀进行溶解，结晶和重结晶；将结晶物干燥，即得大豆异黄酮苷元。本发明将两种形式的大豆异黄酮分开提取、集中过大孔树脂，再用酸处理，避免了磷脂、蛋白等成分的干扰，得到的大豆异黄酮苷元提取率和纯度高，并易工业化生产。该产品用于畜禽养殖，可促进动物生长，提高免疫力，提高产蛋、产奶量，改善肉质风味。