本文公开用于检测受试者中癌症的存在并且评估用于所述癌症的治疗的功效的方法和组合物。所公开的方法使用实时聚合酶链式反应、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、原位杂交和/或多重聚合酶链式反应技术来检测ROS1的点突变、截短或融合的存在。