本发明涉及水产养殖鲇鱼杂种的CH₄分子标记DGGE鉴定方法。本发明以南方鲇、鲇及其杂交子代为研究对象，在鲇属鱼类中筛选设计了CH₄基因片段作为分子标记，应用CH₄基因片段在南方鲇与鲇之间存在种间序列差异，应用变性梯度凝胶电泳检测，成功鉴定了南方鲇、鲇及其杂交子代。具有实验快捷，鉴定直观，无需测序的优点。