鉴定了在来自癌症患者的癌细胞的表达基因中含有突变的癌抗原。通过将使用平行测序平台获得的来自癌细胞的序列与患者的正常基因或来自HLA匹配个体的正常基因比较来对该序列进行选择。通过鉴定癌症患者的HLA超类型并针对该HLA超类型选择在受影响基因中突变位置和/或相应野生型位置处具有特定氨基酸的序列，从而对序列进行进一步选择。可任选测试含有癌抗原的肽与癌症患者的HLA抗原的结合。评估含有癌抗原的肽对来自癌症患者或来自HLA匹配供体的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)细胞系的激活。针对癌症患者鉴定的癌抗原用于制备癌症疫苗并用于治疗该癌症患者。