本发明提供了一种硒化微生物胞外多糖及其制备方法，其是将小分子锦鸡儿根瘤菌胞外多糖加入到硝酸溶液中，搅拌，然后加入亚硒酸和氯化钡，再滴加硫酸，离心去除沉淀，上清液用氢氧化钠调pH至7，装入透析袋透析，减压浓缩透析液后加入食用酒精，析出硒化微生物胞外多糖，收集、冷冻干燥得到硒化小分子微生物胞外多糖。经测定该多糖硒含量可达586～790μg/g；经小鼠试验表明，该多糖具有良好抗肿瘤活性；该多糖可在制备抗肿瘤药物和保健品中应用。