一种用于海水养殖废水处理的固定化小球的制备方法，其特征在于首先得到芽孢杆菌(Bacillus sp.)菌液，再筛选出特定长度的甘蔗渣后进行高压灭菌处理，然后把海藻酸钠溶解到水中；另将海藻酸钠与甘蔗渣混在一起，再加入上述芽孢杆菌(Bacills sp.)菌液，搅拌，将混合物缓慢滴入氯化钙水溶液中形成小球；最后在冷藏条件下交联，交联完成后取出小球，冲洗干净得到固定化小球。本发明制备出来的固定化小球在水中有良好的稳定性，包埋上述芽孢杆菌(Bacills sp.)对养殖废水具有很强的处理能力。制备方法简单可行，便于操作，制备成本低，它在海水养殖废水处理中具有很强的实际应用价值。