本发明公开了一种小鼠精原干细胞特异性抗原4933427D06RIK及其抗体和应用。所述抗原4933427D06RIK由4933427d06rik基因（序列如SEQ？ID？NO.1所示）编码得到，其氨基酸序列如SEQ？ID？NO.2所示，并特异性表达于睾丸中精原干细胞表面。本发明所述4933427D06RIK蛋白特异性的表达于睾丸中精原干细胞表面，利用该蛋白制备出相应的抗体，可成功定位精原干细胞，进而可利用流式细胞术等方法高效分离出表达4933427D06RIK蛋白的SSCs细胞，从而实现SSCs细胞的识别、分离和纯化，为SSCs细胞的培养、诱导分化、移植等科研或临床应用提供支持。