本发明涉及一种木霉菌菌株在制备防治黄瓜枯萎病生物农药中的用途。所述木霉菌菌株为哈茨木霉(Trichoderma？harzianum)SH2303CGMCC？NO.4963。所述防治黄瓜枯萎病药物的主要成分为所述哈茨木霉(Trichoderma？harzianum)SH2303的分生孢子；该生物农药可以为种子包衣剂或颗粒剂。本发明的木霉菌菌株生长速度快、产孢量大、离体对峙病原菌抑制率达43.01％，非挥发性抑制物对黄瓜枯萎病的抑制率为41.33％，挥发性物质对黄瓜枯萎病的抑制率为11.49％，几丁质酶活为3.9573U，β-1，3-葡聚糖酶酶活为0.5092U，胞外蛋白酶酶活为3.0678U；针对黄瓜枯萎病的活体防效为71.43％，菌株中起拮抗作用的抗生性次生代谢物总体比重占30.28％，能够高效防治黄瓜枯萎病病害。