一种防治刺参纤毛虫病的中草药复合配方，属于海水养殖疾病防控领域，其成分及质量百分比为：南瓜子40%，石榴皮30%，苦参20%，重楼5%，狗尾草2%，五倍子3%，粉碎经100目过筛，混合均匀。本发明配伍药物组合中的南瓜子、重楼能够有效杀除养殖环境中的纤毛虫，石榴皮和苦参配伍易于被刺参摄食吸收，可杀灭寄生在刺参体内的纤毛虫，克服了一般杀虫剂只适用于体表杀虫的缺陷。五倍子和狗尾草可以有效治疗由于纤毛虫感染引起的皮肤溃烂，发挥协同作用，使治疗效果更佳。本发明配方对刺参纤毛虫病有显著的疗效，对提高刺参养殖成活率，保障养殖生产稳产、高产具有十分重要的意义。