本发明涉及水产养殖鲇鱼杂种的ITS2分子标记鉴定方法。本发明以南方鲇、鲇及其杂交子代作为研究对象，在鲇属鱼类中筛选设计了ITS2基因片段作为分子标记，应用所扩ITS2基因片段在南方鲇和鲇中的长度差异，成功鉴定了南方鲇、鲇及其杂交子代。具有实验快捷，操作简便，鉴定直观，无需测序的优点。