本发明公开了一种短小芽孢杆菌（Bacillus？pumilus）LDS33及其在制备抗凝溶栓双活性化合物中的应用，短小芽孢杆菌LDS33保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为：CCTCC？NO：M2013179，GenBank登录号为KF515275。本发明的短小芽孢杆菌（Bacillus？pumilus）LDS33菌株具有耐碱、耐盐、耐热、耐冷，易于培养、培养成本低、不受体系中有机物抑制等优点，其发酵液可用于提取具有抗凝、溶栓双活性作用的化合物，该化合物活性高、稳定性好，可用于抗血栓药物或保健品领域。