本发明公开了具有分层结构和海岛型形貌PLGA/PCL复合微球的制备方法，包括以下步骤：a．将PLGA和PCL添加到二氯甲烷有机溶剂中，通过搅拌处理得到PLGA/PCL复合油相；b．在搅拌条件下将步骤a得到的油相分散到PVA水相中得到水包油的单乳液；c．搅拌单乳液，每隔一定时间往水相中补加一定量二氯甲烷。d．继续搅拌乳液使油相液滴中的二氯甲烷挥发，得到固化的复合微球；e．收集所得复合微球，用去离子水充分洗涤，自然干燥。本发明制备的微球具备的分层结构有利于药物的缓释；而且表面存在的PLGA海岛能够提高微球表面的亲水性。