本发明公开了一种蜈蚣藻寡糖及其制备方法和应用，所述的蜈蚣藻寡糖具有如下化学结构：其制备方法是先将蜈蚣藻多糖进行酸性水解，然后进行分离纯化。实验证明：本发明提供的蜈蚣藻寡糖G19能够在体外及体内抑制肿瘤细胞的生长，但不影响正常肝细胞的生长，且研究表明蜈蚣藻寡糖G19的这一抑制作用与肿瘤细胞周期阻滞及肿瘤细胞凋亡相关，因此，本发明提供的蜈蚣藻寡糖G19具有开发成低毒高效的抗肿瘤药物的潜在价值。