本发明提供一种微生物发酵床大栏兽舍育肥兽群的分栏饲喂方法，将微生物发酵床大栏兽舍分隔形成第1栏、第2栏、第3栏、第4栏、第5栏、第6栏、第7栏、及第8栏，且每栏的相应兽舍顶棚上均安装有复数个装有消毒药物的超声雾化器；1500头小兽从第7栏进入该微生物发酵床大栏兽舍，并于第7栏中进行适应；之后将其中生病的兽隔离至第1栏中，体质弱的隔离至第2栏中，瘦小的兽隔离至第3栏中，竞争力较差的兽隔离至第4栏中；将体形大的兽逐步地逆时针赶入第8栏。本发明该分栏饲喂方法能够使饲喂兽群的健康状态稳定，从而保证了育肥兽养殖品质、及效益。