本发明涉及一种治疗仔兽白痢的中药复方连翁止痢颗粒及其制备方法和应用。以黄连300g，白头翁300g，老鹳草200g，大黄炭200g为原料，按照科学的处方组成和工艺制备，由于经过体外提取，药物的有效成分可在动物的消化道内直接被吸收，大大提高了药物的生物利用度，既节约了中药资源，又可适当提高药效。方用味苦性寒之黄连为君，清热燥湿，解毒止痢；白头翁为臣，助黄连止痢；大黄炭为佐，使黄连、白头翁解毒止痢倍增；老鹳草为使，既可协君药黄连解毒，又能取其炒炭之收敛功效以助君臣止泻；四味相配，互相协同，优势互补，共收清热燥湿，解毒止痢之功。连翁止痢颗粒在使用时采用混水灌服，使用方便的特性有利于该药的推广应用。