本发明公开了一种碳包磁性纳米颗粒基因转染试剂盒及其用途，该试剂盒包含碳包磁性纳米颗粒粉末，灭菌双蒸水以及磷酸盐缓冲液，在使用时将其混合。该碳包磁性纳米颗粒粉末，在纳米碳颗粒的中间含有纳米磁性颗粒，纳米磁性颗粒的成分为Fe、Co、Ni几种金属之一的单质或氧化物，或以上几种金属的合金。颗粒表面可修饰阳离子脂质或阳离子高分子，或高分子的聚乙二醇。本发明提供的碳包磁性纳米颗粒基因转染试剂盒，可以用于细胞组织的基因转染以及人或动物的体内药物输送，同时可以进行核磁共振成像以及磁场定位等。在使用时可以配合飞秒激光照射，以提高药物输入细胞内的效率。具有方便快捷，易于操作，转染效率高，免疫原性低等优点。