以水包油微乳液作为模板利用层层组装技术制备微胶囊的方法，属于微纳米技术领域。所述方法为：制备水包油微乳液；制备带正电的聚电解质修饰的PS（聚苯乙烯）羧基小球或Fe₃O₄磁性纳米粒子的混悬液；以水包油微乳液为模板制备微胶囊。本发明利用聚电解质间的静电作用对水包油为模板的微乳液进行层层组装制得了微胶囊，这种方法操作简单，条件温和，可以自由控制微胶囊囊壁的厚度，制得的微胶囊的囊壁稳定，对有机溶剂、酸、碱、高温等稳定。当应用甲苯、氯仿等作为模板时可以用乙醇并配合蒸发的方法轻松除去，并且通过简单的操作即可将其他水溶性药物装载入微胶囊中；而当应用植物油或其他天然无毒油相时则无需除去直接用于脂溶性药物装载。