本发明涉及一种文昌鱼识别几丁质的丝氨酸蛋白酶CASP基因、该基因编码的蛋白质及该蛋白质的表达方法和应用。所述CASP基因是通过兼并引物扩增和RACE扩增的方法，从文昌鱼总RNA中克隆得到的一个MASP类似基因。由CASP基因编码的蛋白质，通过重组表达载体PET-32a(+)-CASP，在大肠杆菌中以胞内可溶的形式表达。CASP编码的蛋白在对抗外来病原中起着重要作用，具有成为高效天然抗菌药物的开发价值。