本发明公开的是具有抗菌消毒功能的水产养殖肥料及其制备方法，水产养殖肥料，包括枯草杆菌芽孢素、地衣芽孢杆菌素、乳酸菌素、菜籽油渣、牡蛎粉、载体、蔗糖、复硝酚钠和腐殖酸钠。水产养殖肥料的制备方法，包括以下几个步骤：（A）将枯草杆菌芽孢素、地衣芽孢杆菌素、乳酸菌素选择菌种；（B）将菜籽油渣、载体、蔗糖、复硝酚钠和腐殖酸钠混合；（C）将滤渣与牡蛎粉进行混合；（D）将步骤（A）粉末和步骤（C）混合牡蛎粉混合；（E）发酵干燥。本发明水产养殖肥料的主要成分是菜籽油渣，即解决了菜籽油渣生产废弃物的出路问题，又促进了绿色水产养殖业的健康可持续发展；本发明起效快且作用时间持久，同时，本发明具有抗菌消毒功能。