本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种指甲隐球菌及其分离培养方法与应用。本发明提供了一株指甲隐球菌（Cryptococcus uniguttulatus），已于2012年4月16日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心（CGMCC），保藏编号为CGMCC No.6017。本发明对该菌株的形态特征、培养特征、碳源利用作了进一步研究。本发明还提供了该菌株的分离培养纯化方法，以及在筛选抗真菌药物中的应用。