本发明提供一种肝素钠的制备方法，该制备方法包括粗品肝素钠除杂、胰酶一次酶解、纤维素酶二次酶解、酸性条件除杂、乙醇分级、次氯酸一次氧化、双氧水二次氧化、冻干、粉碎。本发明所述制备方法去除肝素钠中的丝氨酸，改进了现有技术中肝素钠不适宜药物工业化生产的状况，工艺操作简单、产品肝素结构完整、所得产品效价较高的特点。