本发明公开了一种穿心莲的微乳提取方法，其特征在于，包括穿心莲药材与生物相容性微乳充分接触一段时间例如3天，然后抽滤，得到滤液；其中所述生物相容性微乳包括卵磷脂，胆固醇，胆盐和水，它们的重量比为：1:0.013:1:18。本发明还公开了按照所述微乳提取方法提取得到的穿心莲的微乳提取物以及含有所述的微乳提取物的药物、保健食品、营养食品或化妆品组合物。