本发明涉及一种牡丹籽总芪类化合物组合物及其提取方法和应用，将牡丹籽皮乙醇回流提取，过滤浓缩得浸膏，然后将浸膏溶解并与吸附剂混合，再将混合料依次用溶剂萃取，最后用丙酮和活性炭精制，浓缩至无溶剂得到总芪类化合物组合物。这6种化合物分别为牡丹醇A、牡丹醇、牡丹醇C、顺式葡根素、反式葡根素和买麻藤H。本发明的牡丹总芪类化合物组合物，经过药理学试验证明，具有较好的抗革兰氏阳性和阴性菌活性，可以作为抗菌的药物活性成分，可以单独或与适宜的赋形剂等结合，作为食品添加剂用于食品的防腐，或用于制备抗菌的药物。