本发明提供了一种功能性小米糠多肽的制备方法，该功能性小米糠多肽可在制备抗肝损伤保健食品和抗肿瘤药物中应用。该方法是以小米糠为原料，用浸提法得到清蛋白，经超滤或透析除杂后，分别采用木瓜蛋白酶和胃蛋白酶、枯草杆菌中性蛋白酶和胃蛋白酶、537酸性蛋白酶和胃蛋白酶三种双酶水解方式水解小米糠清蛋白，水解液经灭酶、离心后，得到三种小米糠多肽。将获得的多肽用截留分子量为1000Da的超滤膜进行超滤，得到三种分子量＜1000Da的小米糠多肽，试验表明，这3种多肽抗肝损伤及抑制肿瘤生长作用显著。受试人每天摄入该小米糠多肽10-30g，无任何副作用，可应用于保肝的保健食品和抗肿瘤的药物中。