本发明公开了一种鹰嘴豆纳豆的制备方法，其包括鹰嘴豆浸泡发芽、蒸煮、接种发酵、后熟和冷冻干燥等步骤。将鹰嘴豆经过发芽前处理，产生鹰嘴豆豆芽素类异黄酮，强化了鹰嘴豆营养成分，然后接种纳豆枯草芽孢杆菌进行发酵，制备成富含鹰嘴豆黄酮类及纳豆菌、纳豆激酶的鹰嘴豆纳豆。此外，本发明还公开了采用上述方法制得的鹰嘴豆纳豆及其在制备预防或者改善高血脂、抗血栓食品、保健食品或药物中的应用。经实验验证，本发明的鹰嘴豆纳豆可降低机体血清TC、TG、MAD含量，具有明显的降血脂及溶解血栓作用，可用于制备预防或者改善高血脂、抗血栓食品、保健食品或药物。