本发明公开了一种链黑菌素类似化合物及其制备方法、用途。该链黑菌素类似化合物的结构式为：其中，R₁=OCH₃或H，R₂=OCH₃，R₃=OCH₃；或R₁=OCH₃，R₂=OH，R₃=OH。本发明以链黑菌素产生菌柔毛链霉菌Streptomycesflocculus CGMCC4.1223作为出发菌株，分别对该菌株链黑菌素生物合成基因簇的羧酸酯酶基因stnA和甲基转移酶基因stnQ3进行选择性失活，获得羧酸酯酶失活突变菌株ΔstnA和甲基转移酶失活突变菌株ΔstnQ3；分别对这两个突变株发酵产物粗提物分离纯化，即得。本发明的化合物作为抗肿瘤药物链黑菌素的类似物可用于开发抗肿瘤药物。