本发明涉及一种微波辅助制备羟基磷灰石纳米结构多孔微球的方法，包括：以水溶性钙盐作为钙源、磷酸吡哆醛作为磷源，在酸性条件下将两者混合，通过微波辅助水热反应制得羟基磷灰石纳米结构多孔微球作为载体；以及将所述羟基磷灰石纳米结构多孔微球加入到含有疏水性药物的有机溶剂中或含有亲水性蛋白质的水溶液中，在20～40℃下，震荡24～60小时后，将产物离心、洗涤、干燥后得到装载疏水性药物或吸附亲水性蛋白质的羟基磷灰石纳米结构多孔微球。