本发明涉及一种少棘蜈蚣多肽毒素mu-SLPTX-Ssm6a及其基因和应用，属于生物医学技术领域。少棘蜈蚣多肽毒素mu-SLPTX-Ssm6a，由SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列组成。编码少棘蜈蚣多肽毒素mu-SLPTX-Ssm6a的基因，由SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列组成。少棘蜈蚣多肽毒素mu-SLPTX-Ssm6a是一种钠通道抑制剂，在制备镇痛药物中的应用。本发明的少棘蜈蚣多肽毒素mu-SLPTX-Ssm6a，对大鼠背根神经节上的钠离子通道电流有非常显著的抑制作用，是一种钠通道抑制剂；该毒素能够选择性的作用钠离子通道亚型Nav1.7，小鼠的镇痛模型表明该多肽具有良好的镇痛效果，能够在制备镇痛药物中应用。