本发明属于生物医药领域，涉及复合干扰素半胱氨酸突变体、其聚乙二醇衍生物，后者的制备方法、药物组合物和两者在制备治疗病毒性疾病的药物中的用途。所述的复合干扰素半胱氨酸突变体是将复合干扰素氨基酸序列中从N端计的第109位或第110位的氨基酸突变为半胱氨酸；所述的复合干扰素半胱氨酸突变体的聚乙二醇衍生物是由所述的复合干扰素半胱氨酸突变体与聚乙二醇修饰剂连接得到，所述的聚乙二醇修饰剂的分子量在5KDa-40KDa之间。本发明的复合干扰素半胱氨酸突变体及其聚乙二醇衍生物有更高的生物学活性，更好的药理作用与稳定性，并具有更可靠的安全性。