本发明公开了一种杀菌水产养殖肥料及其制备方法，杀菌水产养殖肥料，包括原料组成为尿素、磷酸钾、磷酸铵、米糠、益生菌和中草药添加剂；水产养殖肥料的制备方法，包括以下几个步骤：（A）按配方量称取各中草药组分，加水提取1-3次，得到中草药提取液，浓缩后喷雾干燥得中草药添加剂，备用；（B）按重量分数称取尿素、磷酸钾、磷酸铵、米糠、益生菌和中草药添加剂进行搅拌混合，然后将原料送进发酵池中进行发酵，得到肥料。本发明添加了具有杀菌效果的中草药颗粒，通过发酵，使得各种成分的作用得到充分的发挥，应用于水体起效快、作用时间持久、绿色环保并且具有杀菌效果；另外，本发明配方合理，制备方法简单。