本发明公开了一种制备透明质酸纳米微球材料的方法，提供了一种基于碱基配对作用交联透明质酸纳米微球的手段。采用反相乳液交联技术，通过碱基配对作用，实现了透明质酸纳米微球的交联，得到了结构稳定的透明质酸纳米微球。本发明避免使用了有毒化学交联剂，能保留被包埋药物的生物活性，可显著改善纳米微球材料的使用安全性。本发明工艺和设备简单、易行、操作安全，具有制备温度低、固化速度快、处理周期短等优点，在活性药物、蛋白或基因的包埋与传递方面有应用价值。