本发明公开了一种MLH1基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒。其中，该试剂盒包括：MLH1基因的测序引物。本发明的发明人发现胃肠道间质瘤除了由常见的KIT和PDGFRA基因突变引起之外，MLH1（V384D）基因突变也是引起胃肠道间质瘤的原因之一。基于此，应用本发明的用于检测胃肠道间质瘤的试剂盒可以快速准确地检测胃肠道间质瘤的MLH1突变位点，辅助胃肠道间质瘤的诊断，从而辅助胃肠道间质瘤的治疗。而且，利用本发明的试剂盒检测到MLH1（V384D）基因突变就可以有针对性的对患者采用基因靶向药物进行治疗，使靶向药物的使用更具针对性。