本发明公开了一种低分子岩藻聚糖硫酸酯的制备工艺，通过盐酸降解、脱盐、离子交换柱洗脱等制备得到低分子岩藻聚糖硫酸酯。药理活性实验表明，本发明的方法制备的低分子岩藻聚糖硫酸酯能够明显改善肾功能，降低蛋白尿，延缓肾小球硬化，发挥肾脏保护作用。动物实验表明：低分子岩藻聚糖硫酸酯效果明显好于相同剂量的岩藻聚糖硫酸酯，因此，可以以本发明的低分子岩藻聚糖硫酸酯为原料用于制备治疗糖尿病肾病的药物，或直接利用本发明的低分子岩藻聚糖硫酸酯为药物用于治疗糖尿病肾病。