本发明提供一种自动补偿发药方法及系统，其方法包括如下步骤：S1、接收发药指令，并根据所述发药指令触发发药动作；其中，所述发药指令中包括预定出药数量；S2、获悉药物发放系统的实际出药数量；S3、若所述实际出药数量小于所述预定出药数量，则计算两者的差额并根据所述差额触发相应数量的药物补发动作。本发明通过获悉实际出药数量，并在实际出药数量不足时，自动触发相应数量的补偿发药，以保证实际出药数量准确，且避免人工参与，节省操作时间。