本发明涉及一种抗菌壳聚糖凝胶剂及其制备方法，该制备方法包括制备含壳聚糖的复合液、制备蚕丝蛋白乙醇溶液、制备卡拉胶溶液、制备季鏻化合物溶液与制备凝胶剂等步骤。本发明的抗菌壳聚糖凝胶剂以高分子壳聚糖和低分子壳聚糖复合物为主要基质，配合使用抗菌增效剂、胶凝剂、组织细胞修复辅料等组合复配，避免使用其它化学药物、生物药物等成分，提高了凝胶剂的安全性，同时也降低成本和减少对患者的刺激性，促进患者恢复健康。所制备的抗菌壳聚糖凝胶剂对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、链球菌、绿脓杆菌等的抗菌能力均达到99％以上，显示出良好的抑菌能力。