本发明提供一种螺旋藻养殖过程中重金属的控制方法，包括以下步骤：检测螺旋藻养殖池的培养基中生产的藻粉的重金属的含量；当螺旋藻养殖中藻粉的Pb由质量比含量为0.88ppm以上或Cd的质量比含量0.12以上时，将FeSO₄-7H₂O加入螺旋藻养殖池的培养基中，沉淀其中的重金属Pb、Cd；清池：将前述形成的沉淀物倒出；再将EDTA-2Na加入螺旋藻养殖池的培养基中，络合重金属使其沉淀。本发明中使用的FeSO₄·7H₂O，可为螺旋藻提供铁离子，将其添入培养基中后，加速重金属离子沉降；清池并添加EDTa-2Na络合物，减少了外部环境中重金属进入培养系统，安全无毒，可重复使用，易操作。