本发明涉及药物化学领域，具体涉及一种高对映体选择性制备(S)-泮托拉唑的方法。其特征是：在手性试剂存在的情况下，不加任何有机碱，使用氧化剂直接氧化5-二氟甲氧基-2-[[(3，4-二甲氧基-2-吡啶基)甲基]-硫基]-1H-苯并咪唑。本发明方法得到的(S)-泮托拉唑ee值可以达到100％。