本发明公开了一种工业化分层取水清水循环的养殖系统和方法，该系统包括依次相连的养殖池、缓冲调节池、气浮池、生物净化池和对水体进行杀菌、增氧、调温的水质优化池，最终所述水质优化池通过进水管与所述养殖池相连，形成循环系统；所述养殖池中央竖直设有可分层取水的排水管，所述排水管通过总回水管路与所述缓冲调节池相连，所述养殖池的池底中央设有颗粒物汇集排除器，本发明所公开的工业化分层取水清水循环的养殖方法采用排水管取养殖池内的中上层清水进行循环，池底的废弃物通过颗粒物汇集排除器定期排出系统之外，该工艺流程简单，投资成本低，节约能耗，也特别适合老旧车间的改造，应用前景广阔。