本发明公开了一种基于随机森林的化合物和蛋白质相互作用预测方法，包括：收集与药物化合物存在相互作用的靶点蛋白质信息，构建靶点库；收集用于构建训练集的药物化合物、以及药物化合物与靶点蛋白质之间的相互作用关系信息，构建化合物库；根据化合物库和靶点库的信息构建训练集；基于所述的训练集，使用改进随机森林算法进行训练，建立预测模型；收集用于预测的化合物，连同步骤（A）中得到的靶点蛋白质信息构建测试集；基于所述预测模型对所述测试集进行预测；（H）根据所述预测结果判断待预测的化合物和靶点蛋白质之间是否存在相互作用。本发明可以提高化合物和蛋白质相互作用的预测准确率。