本发明涉及一种聚氨基酸基水凝胶微胶囊的制备方法，属于生物药物控释材料技术领域。本发明特点在于该微胶囊是以表面氨基化无机粒子为引发剂，引发氨基酸-N-羧酸酐的开环聚合，脱除保护基团，通过侧链带氨基聚电解质对接枝聚合物进行交联，酸刻蚀无机粒子模板，从而得到的一种粒径均一、具有中空或多孔结构的微胶囊，其粒径范围在150~1400nm左右。通过该方法能够制备得到生物可降解、尺寸可控、稳定均一的亚微米级聚氨基酸基水凝胶微胶囊。该聚电解质微胶囊具有灵敏的pH、离子响应性。利用这一特点，微胶囊可以实现芯材的包埋与释放。此外，囊壁材料中含有的活性氨基和羧基端,可以通过共价键与药物和靶向基团等结合，在药物控释领域有广阔的应用前景。