一种应用于医药制剂领域中的黄连素超微粒肠道粘附型缓释微丸及其制备方法，由黄连素小粒径微丸及包衣材料组成，所述黄连素小粒径微丸为空白丸芯包裹药物混悬液，所述药物混悬液由黄连素和亲水性载体材料组成，所述的亲水性的载体材料选自羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙烯醇中的任意一种或几种，所述增塑剂选自柠檬酸三乙酯、聚乙二醇-6000、蓖麻油、聚乙二醇-1500中的任意一种或几种。该发明超微粒缓释微丸剂可长时间滞留于肠道上段并持续释放药物，可有效作用于其治疗糖脂代谢综合征的肠道局部靶点，达到持续降低糖脂类物质的吸收，进而达到降血糖和调血脂的目标，服用方便，适合于工业化生产。