本发明公开了一种抑制淀粉样多肽聚集的复合物及其制备方法和应用，所述复合物由短肽抑制剂和佐剂按1：5～10：1的摩尔比组成，所述短肽抑制剂选自β-淀粉样多肽的3-10个氨基酸的片段、其突变体及衍生物；所述佐剂选自含氮杂环化合物及其衍生物，所述复合物通过将短肽抑制剂与佐剂按1：5～10：1的摩尔比，溶解到缓冲液中制备混合溶液，使短肽抑制剂的终浓度为10-100μM，再孵育制得；所述复合物用于制备抑制淀粉样多肽对细胞毒害作用的药物或用于制备治疗和/或预防与淀粉样多肽有关的疾病的药物。本发明在分子水平上揭示分子与淀粉样多肽的相互作用，为研究药物分子与淀粉样多肽相互作用机理，提供了有效方法。